Tengo una dudilla ¿ se podria saber si el raton esta dentro de un panel o fuera ?. No me refiero a si es hijo o no, si no en el espacio que ocupa si esta sobre el.
 
En este caso no me valdria en event trigger de pointer entery pointer exit, lo que quiero es usarlo de condicion en un if.

Si sacas el Rect de dicho panel y luego utilizas la propiedad Contains creo q te puede servir...
https://docs.unity3d.com/ScriptReference/Rect.Contains.html

Funciona bien aunque me coge mal las dimensiones. Estando fuera del panel me detecta como si estuviera dentro.
 

Rect rect = new Rect (panelContenedor.GetComponent<RectTransform>().rect.position, panelContenedor.GetComponent<RectTransform>().rect.size);
      if (rect.Contains(Input.mousePosition)) 
      {
      }

 
Habra que tener en cuenta el tamaño de la pantalla ?

Mirate esos videos, tiene un script de drag, que imagino detectara si estas dentro de la ventana, igual te sirve...
https://unity3d.com/es/learn/tutorials/modules/intermediate/live-training-archive/panels-panes-windows

RectTransformUtility.ScreenPointToLocalPointInRectangle

Si estas en OnGUI te conviene no usar Input.mousePosition y usar lo siguiente:
 

if(rect.Contains(Event.current.mousePosition))
...

 
 

Ya funciona perfectamente