Hola @Adngel gracias por las respuestas el problema de la re ubicación esta solucionado como muestro en el enlace de el web player. Para la eliminación pensaba  usar el algoritmo de dijkstra se me hace fácil implementarlo al ya verlo usado en otro proyecto aunque no creo que sea el mas optimo...  

Nuevo web player mejorado http://vk-series-latino.tuars.com/capitulos/Desktop.html" rel="external nofollow">http://vk-series-latino.tuars.com/capitulos/Desktop.html

A ver si puedo colaborar con algo

public float Score;
bool ActCont = false;
float Cont = 0;
void update(){
if(input.getkeydown(keycode.mouse0)){
 
ActCont = !ActCont;
}
if(ActCont == true){
Cont+=0.5f*Time.deltatime;
 
}
if(Cont >= 1){
 
Score = Score+100;
Cont = 0;
}
 
}
 

Aquí un web player 
 
http://vk-series-latino.tuars.com/BubbleWitch.html" rel="external nofollow">http://vk-series-latino.tuars.com/BubbleWitch.html
 
 
rotan con A y D dispara con Space

a ver si voy por buen camino cree una lista con los transforms coloque un boxcollider2d en la parte superior lanzo la bola y cuando collisiona busca en la lista el transforms mas cercano a la bola el problema es que al re ubicar la lo hace bruscamente

Hola Estoy intentando hacer un juego estilo bubble witch saga pero no se como hacer la re ubicación de la bola al colisionar con el "techo" o otra bola alguien me podría orientar un poco? Gracias...