Buenas, estoy desarrollando una pequeña web para mi videojuego y quería poner un botón para iniciar el juego desde la web, es decir, que ejecutara el .exe desde la web. He visto varias personas que intentan hacer esto pero por motivos de seguridad no pueden hacerlo. El tema es que he visto webs en los que si lo hacen, por ejemplo en EA abres Origin desde su web, y ahora no me vienen más ejemplos pero tengo en mente varios sitios donde te sale un popup de "seguro que quieres abrir X aplicacion". ¿Alguien sabe como hacerlo?

Tendrias que crear un protocolo URL personalizado (URL custom protocol) luego llamarlo desde host..
 
Digamos que creas un protocolo llamado MiAplicacionLeocub58
 
Para poder ejecutarlo deberias hacer lo siguiente 
 
MiAplicacionLeocub58://argumentos.
 
Obviamente el cliente deberá instalar el protocolo personalizado + la aplicación que se va a abrir.

Uséase.. : https://support.shotgunsoftware.com/hc/en-us/articles/219031308-Launching-applications-using-custom-browser-protocols