Hola,antes de nada he de agradecer toda esa ayuda por parte de la comunidad,gracias.Ahora a lo importante...Estoy intentando que el jugador evada los ataques del enemigo de una forma muy básica,esencialmente tengo un script en el cube que hace daño al jugador con un temporizador que cuando lo pulsas se queda desactivado el box collider durante x tiempo,pues por lo que vi desactivar el box collider no funciona es cierto?

Puedes poner en falso el layer. Osea ignorar colisiones en el layer.

Physics.IgnoreLayerCollision(13,15, true);
   yield return new WaitForSeconds (2.0f);
   Physics.IgnoreLayerCollision(13,15, false);

Comprueba claramente que sean las layers que quieres apagar.Con eso dejarías de detectar eso.