Hola, había dejado de usar Unity por un tiempito (La ultima vez que lo usé y exporté a Android fue hace unos 4-5 meses) y en estos días se me presentó un nuevo proyecto, lo empecé a desarrollar y cuando llegó el momento de exportar el apk apareció el siguiente error:
 
Failed to compile resources with the following parameters:

-bootclasspath "C:/Users/David/AppData/Local/Android/android-sdk\platforms\android-26\android.jar" -d "C:\Users\David\Documents\Unity projects\MuseoEtnografico\Temp\StagingArea\bin\classes" -source 1.6 -target 1.6 -encoding UTF-8 "com\Unimagdalena\Neponuseno\R.java" "com\unity3d\player\R.java"
 
Agradecería mucho vuestra ayuda. 

Vuelve a bajar, instalar y configurar los 3 SDK's de Java que te indican en el Edit->Preferences->external