Experimentando un poco por acá y por allá llegué a usar un atlas, para ver como era el trabajo con este.
 
Mientras estaba trabajando me sucedió lo siguiente.

Al "Slice" (no se como se dice en español), los sprites dentro del atlas y luego arrastrarlos a la escena me salían con unos colores extraños. Pensando que era que los había editado mal en el gimp, los volví a abrir, pero todo está perfecto.
 
Entonces decidí por probar poner el sprite solo y cuando comparé los dos sucedió esto.
 

 
Mientras que el sprite normal se dibuja bien dentro de la scena, el que está dentro del atlas aparece con algunos pixeles perdieran color o algo. Investigando lo poco que pude hasta que perdí el internet encontré sobre el formato de comprención de las imágenes. Probé con todos los que estaban disponibles y tampoco lo encontré.
 

 
¿Algún consejo que me puedan dar?
 
PD: Siento que dentro de poco me van a llamar la atención por preguntar mucho.
 
 

Hay varias guías por Internet sobre el tema, pero en general todo viene a ser: 
 

• 
     Cuando se pretende hacer Pixel Art, NO uses compresión en la imagen, déjalo todo en RGBA32 y en su PPU (Pixels Per Unit) correcto.
  


• 
     La distorsión en los colores es tema del viewport/cámara. Usa el PixelPerfectCamera para conseguir que los sprites mantengan sus colores/tamaño/resolución correctos.
  

desactivar el filtro de la imagen (poner en filter: point) 
 
y en la camara desactivar el filtro anti aliasing... o como se escriba...
 
eso suele ayudar al pixel art...
 
...pero eso tiene pinta de ser por la compresion, como dice @pioj

Cita de: pioj date=1537781367Hay varias guías por Internet sobre el tema, pero en general todo viene a ser: 
   
   

• 
           Cuando se pretende hacer Pixel Art, NO uses compresión en la imagen, déjalo todo en RGBA32 y en su PPU (Pixels Per Unit) correcto.
        

      
• 
           La distorsión en los colores es tema del viewport/cámara. Usa el PixelPerfectCamera para conseguir que los sprites mantengan sus colores/tamaño/resolución correctos.
        

   

 
 

Cita de: Igor date=1537794921desactivar el filtro de la imagen (poner en filter: point) 
   
   
      y en la camara desactivar el filtro anti aliasing... o como se escriba...
   
   
      eso suele ayudar al pixel art...
   
   
      ...pero eso tiene pinta de ser por la compresion, como dice @pioj
   

Hasta ahora todo indica lo que dice @pioj porque ya los antialiasing los tenía desactivados.
 
Me sorprende la experiencia que tienen ustedes. Espero que algún día también logre estar entre los ususarios que pueda ayudar a aquellos que tengan dudas como ustedes. PD: Si se encuentran algún juego por ahí que salgan sus nombres en los agradecimientos y el de @lighbug no duden que ese sea yo XD.