osea el script dice algo asi:
 

#pragma strict
var jugador3A : boolean = true;
var jugador4A : boolean = true;
var usuario : int = 1;
var Tomas : int = ;
var Player1 : GameObject;
var Player2 : GameObject;
var Player3 : GameObject;
var Player4 : GameObject;
function Update(){
    if(usuario == 1){
        Player1.SetActiveRecursively(true);
        Player2.SetActiveRecursively(false);
        Player3.SetActiveRecursively(false);
        Player4.SetActiveRecursively(false);
    }
    if(usuario == 2){
        Player1.SetActiveRecursively(false);
        Player2.SetActiveRecursively(true);
        Player3.SetActiveRecursively(false);
        Player4.SetActiveRecursively(false);
    }
        if(jugador3A == true){
            if(usuario == 3){
                Player1.SetActiveRecursively(false);
                Player2.SetActiveRecursively(false);
                Player3.SetActiveRecursively(true);
                Player4.SetActiveRecursively(false);
            }
        }
        else
                if(jugador4A == true){
                    if(usuario == 4){
                        Player1.SetActiveRecursively(false);
                        Player2.SetActiveRecursively(false);
                        Player3.SetActiveRecursively(false);
                        Player4.SetActiveRecursively(true);
                    }
                }
            }

 
mi problema radica en que aunque yo deje a jugador 4A como activo y que usuario=4 que el gameobject Player4 no se activa pero cuando usuario = 1,2 o 3 todo funciona bien, que puede ser que este fallando?

con cada cosa que hagas en el juego vas a tener que condicionar que usuario es? ...
 
para que te funcione, jugador3A tiene que estar en false, por que has puesto un else hay por que si.