Tengo animaciones en 2D, correr, saltar. Quiereo hacer otra que sea atacando/disparando. Mi duda es si puedo intercalar las animaciones de saltar y correr con disparar para no tener que hacer una animacion corriendo-disparando y saltando-disparando simplemente hacer una disparando.
 
He estado mirando los layers del animator pero veo que esta mas enfocado a 3D y con los blend tree creo que es mas para temas de velocidades entre animaciones o cosas asi.

Animator, tambien sirve para 2D.

Cuando decis animacion corriendo-disparando me imagino un estilo a lo megaman, que la animacion de los pies sigue igual pero él levanta los brazos para disparar. Que estilo de 2D tenes? sprites del tipo cuadro a cuadro (pixelart) o animados, a lo rayman lengend? Si es el animado es mucho mas facil, podes separar las animaciones, por ejemplo si estas corriendo se reproduce la animacion de los pies (un clip) y las de los brazos (otro clip) por separado, si en un momento empezas a disparar solo activas la animacion de disparo en los brazos (otro clip) y la de los pies sigue igual. Con animator podes hacer un monton de cosas es muy completo.

Me temo que no es tipo rayman xD, me referia al estilo megaman, no se si es posible o tendria que separar brazos, piernas, etc en diferentes sprites

Claro podes separarlos, es un poquito mas tedioso, o podes hacerlo todo entero y tener las diferentes versiones (correr y correr+disparar), pero cuando pases de correr a disparar se va a notar el cambio salvo que lleves cuenta exacta del cuadro que va.

Creo que probare a separar la parte de arriba de la de abajo, me imagino que en el animator se pueden ejecutar dos animaciones a la vez

No estoy seguro de eso, igual los animators no son iguales. si tenes dos gameObjects uno parte de arriba y otro parte de bajo cada uno por si solo puede tener un animator que tenga una estructura parecida, la parte de abajo no tendria la parte de disparar obviamente. Una cosa algo asi:
 
parte superior:
 
- Idle (inicial)
 
- caminar o correr
 
- saltar
 
- disparar (corriendo o parado)
 
parte inferior:
 
- Idle (inicial)
 
- caminar o correr
 
- saltar
 
 

exacto, me imagino que se podra