Tengo varios enemigos que tratan de acercarse al personaje y si no les pongo un Box Collider 2D muchas veces se superponen y se quedan todos en la misma posición. El problema es que entonces cuando el personaje salta encima de ellos, se queda atorado en sus cabezas.

ayudaría bastante un vídeo para entender el suceso.

Te toca decidir qué quieres hacer:
 

• 
     O bien defines que el personaje no colisione con tus enemigos...
  


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     O bien, defines que haya un radio de separación entre enemigos siempre, pero no defines colisiones entre ellos, y sólo entre enemigos<->player.
  

 
 
Si nos muestras alguna captura de cómo es tu proyecto, tal vez podamos encontrar la solución. Lo que está claro es que todo no se puede tener...