Acabo de encontrar esta joya, totalmente FREE:
http://overlap2d.com/
 
https://www.youtube.com/watch?v=I0g-t0nZ-qE
 
Overlap2D es un cómodo editor/compositor de gráficos y escenarios 2D, totalmente independiente del motor de videojuegos que uses. Permite componer muy fácilmente gráficos y assets para nuestros proyectos que luego se pueden exportar a hojas de sprites o lo que haga falta (.json incluído).
 
Es algo parecido a un AfterEffects o un Tiled. Su única función es preparar y componer gráficos para luego exportarlos a los motores de videojuegos. Es decir, no es un herramienta de creación de Arte, como Photoshop o Flash, sinó que importa esos gráficos para "colocarlos" o agruparlos.
 
 
 

Lo has probado con Unity?
 
Cómo se carga una escena creada con overlap2D en Unity?

Sí, lo probé ayer.
 
Overlap exporta tanto sheets de gráficos (puedes elegir .png o .jpeg) cómo un .json para la posición, rotación y escala de los objetos colocados en el "escenario". 
 
Basta con hacer un parser que lea eso y los recoloque desde Unity. Cualquier programador puede serializar eso sin problemas.