Buenas,
hace bastante que no toco eso, pero de lo que comentas no actualizas en ningún momento la info en los meshes(Assets).
Prueba a mirarte esto:
https://docs.unity3d.com/ScriptReference/AssetDatabase.html
https://github.com/pharan/Unity-MeshSaver/blob/master/MeshSaver/Editor/MeshSaverEditor.cs
hace bastante que no toco eso, pero de lo que comentas no actualizas en ningún momento la info en los meshes(Assets).
Prueba a mirarte esto:
https://docs.unity3d.com/ScriptReference/AssetDatabase.html
https://github.com/pharan/Unity-MeshSaver/blob/master/MeshSaver/Editor/MeshSaverEditor.cs