Hola,Me ocurre que estoy en una escena con una GUI y  cargo otra escena, el puntero del ratón no se ve, pero no siempre ocurre con la misma escena. ¿A qué se debe esto?Gracias.Un saludo. 

Hola! Por alguna razón me imagino que mediante script se desactivará el puntero del ratón. Aunque lo extraño es que dices que no ocurre siempre. ¿Las escenas las has creado tú?, me refiero a los scripts que lleva dicha escena en la que desaparece el cursorDe todos modos prueba a crear un script, agregalo a la camara de la escena donde suele desaparecer el puntero y ponle este codigo para que el puntero del raton aparezca en pantalla cuando pulses la tecla que le indiques. Al menos asi solucionarás el problema, hasta que averigues el porqué. 

using UnityEngine;
using System.Collections;

public class CursorScript : MonoBehaviour
{
    // Use this for initialization
    void Start()
    {
        //Para que el cursor sea visible
        //Si te da errores de compilacion el Cursor.visible, pon http://docs.unity3d.com/ScriptReference/Screen.html">Screen.showCursor
        Cursor.visible = true;
    }

    void LateUpdate()
    {
        //Puedes cambiar los botones de activacion / desactivacion por los que quieras
        
        if(Input.GetMouseButtonDown(0)) //Para que el cursor sea visible al pulsar uno de los botones del raton (Izq)
        {
            Cursor.visible = true;
        }
        if(Input.GetMouseButtonDown(1)) //Para que el cursor no sea visible al pulsar uno de los botones del raton (Dch)
        {
            Cursor.visible = false;
        }
    }
}

 Saludos.

Muchas gracias ftejada!!!!