Pos no entiendo mucho de terrain,no lo he usado apenas asi que espero no cagarla  , has probado a bajarle un poquete el pixel error del terrain Cheers!

Si, lo tenia en 5 por defecto y cuando aparecio el problema lo subi al tope, al ver que empeoraba la situacion lo puse en 1...El terrain lo terminé en unity4, ¿puede ser que al aplicarle cambios con la nueva version pase eso? que cosa mas rara, solo pasa por la parte del terreno donde he hecho los surcos, el resto del terreno va bien.

Pues a saber, por poder podria ser, has probado a exportar el raw y volverlo a importar a ver si hay suerte.Sino prueba con el script que te paso a ver si forzandole a reconstruir el LOD se soluciona.El editor lo guardas en la carpeta Editor, el otro donde quieras y se lo pones al terrain mismo, o a un gameobject cualquiera funciona igual. Lo unico que hace es coger los valores height y volverlos a aplicar, asi unity reconstruye el LOD.No te puedo decir mas porque apenas he juegueteado con el terrain asi que poco se en verdad. Suerte! 
http://unityspain.com/applications/core/interface/file/attachment.php?id=9182">RemakeLODTerrain.cs
http://unityspain.com/applications/core/interface/file/attachment.php?id=9183">RemakeTerrainEditor.cs

Acabo de probar el script, le he dado a remakeLOD, pero sigue dando el mismo fallo. El primer metodo me parece interesante, pero no se como exportar el tarrain, voy a buscar info a ver como se hace. Gracias por la ayuda.