Hace unos días intenté implementar mi editor de diálogos como parte del editor de Unity. Al principio todo iba bien, pero después noté que no podía generar el build del proyecto, porque el script de mi pequeña herramienta daba error: Unity no generaba el build por culpa de Unit***itor. Así que tuve que detener la implementación de dicha herramienta, y de otras que quería incluir dentro del proyecto. Existe alguna forma de evitar que algunos scripts sean compilados en el proyecto final?

Scripts que no se utilizan pero están? Es raro que los incluya si no hay dependencia, pero si quieres forzarlo, utiliza las directivas dd precompilación para forzarlo, como el #define y el #if. Puedes comprobar si está en el editor o no, para no incluirlo en el segundo caso.