Buenas, me gustaría saber como es la manera mas adecuada para gestionar los diferentes menús echos con la UI, es decir tengo que crear un canvas diferente para cada menú dentro de mi escena principal y luego voy ocultando o mostrado según vaya utilizando los menús a lo largo del juego?

yo suelo usar un canvas por menu y por render mode.
 
un canvas menu principal, otro canvas menu opciones, otro hud en el juego... etc, lo hago asi por organizacion pero puedes usar un solo canvas para todo y ir ocultando o mostrando.

A mi me gusta hacerlos en OnGUI y en codigo jaja, ya va en gustos, quiza como dice @kingtrase es lo mas intuitivo . Yo tengo los gameObjects asi:
 
- UIMaster ------ Menu1 ----- boton 1 (con sus acciones cada uno)
 
                                     ----- boton 2
 
                                     ----- boton 3
 
                 ------ Menu 2 (etc)
 
                 (etc)
 
"UImaster" gertiona los menus, "Menu" crea a sus hijos y hace de referencia para UImaster, y los botones simplemente ofrecen una accion que el UImaster sabra como administrarla para hacer aparecer y desaparecer a sus hijos. (IrAMenu , SalirdelJUego, IrAEscena, SalirAMenuPrincipal,GuardarJuego, etc)
 
Tengo un UImaster de menuprincipal y otro de menu de pausa
 
 
 
 

En OnGUI y código? *stia GUIMaster. Por qué no has cambiado ya?

Cita de: iRobb date=1480448440En OnGUI y código? *stia GUIMaster. Por qué no has cambiado ya?
   

Jaja no lo se, cuando me pase al nuevo UI me gusto bastante, pero la UI nunca quedaba exactamente donde se mostraba en el gameView (con 16:10) y utilizandolo con la camara (creo que esta el modo con la camara y otros dos mas, no recuerdo el nombre). Pero la idea es usar la UI nueva, ya que si tengo demasiados elementos se vuelve complicado.
 
Otra razon, hace poco hice un skill tree, y automaticamente detectaba la cantidad de skills con sus ramificaciones y en base a eso calculaba las dimensiones de las imagenes/botones. Con la UI nueva no puedo hacer eso, tengo que saber de antemano lo que quiero. (Salvo que haga un script dimensionador con [ExecuteOnEditMode] )

Muy chulo. El problema es que me pasó es parecido, estás tan enganchado a tu código vinculado al UI antiguo y un mundo muy diferente por recomponer, que los vas dejando, dejando. Esto es como cortar con la novia, o de golpe o se vuelve penoso hasta que te obliguen (por obsolescencia en este caso).

Gracias por las respuestas, entonces la mejor opción es crear un canvas por cada menú y luego voy ocultando o mostrandocanvas según los necesite, mi ej es el siguiente :

Un menú para ver el equipamiento de mi eprsonaje (CanvasPerfil), otro para el inventario (CanvasInventario), otro para comerciar (CanvasComercio), otro para coger x cantidad de un objeto (CanvasCantidades), otro para menú de opciones (CanvasOpciones), otro para los estados de vida, mana ect de mi personaje  (CanvaasEstadoPersonaje) y algunos menús mas.