No sé si a alguno más le ha pasado, pero cuando creas un modelo en Blender y lo importas en Unity queda rotado -90º en X y (para mí) era bastante molesto. Hasta ahora la solución más fácil era meterlo en un GameObject vacío de manera que quedara rotado y si necesitabas rotar el objeto lo hacías rotando el parent. Pues bien, estaba buceando por Google tratando de evitar esto y me encontré con esta entrada en el foro de Unity:
 
https://forum.unity.com/threads/blender-fbx-export-settings.465936/
 
A mí me ha funcionado, me importa el modelo de forma "correcta" y sin rotaciones raras en Unity, así que creo que merece estar en el foro.

Buen aporte! Muchas gracias.