Buenas!
 
Tengo una aplicacion ,y arriba a la derecha tengo la tipica X para salir.Como puedo hacer que al darle a la X se abra una scena nueva pero sin tapar la que esta cargada ya? 
 
Lo que quiero es que al dar a la X salga una pestaña diciendo estas seguro que quieres salir?pero no quiero que tape la escena que estaba cargada anteriormente

Hola, para cargar una escena sin tapar como decis la escena actual se realiza de forma aditiva:
 

SceneManager.LoadScene ("Tu escena", LoadSceneMode.Additive);

 
Pregunto, no te conviene activar un elemento UI o un canvas que diga eso? o necesitas una escena nueva?
 
saludos

Pero esto no es algo que amerite cargar una escena nueva.
 
Estoy viendo que estás teniendo muchos problemas pero al menos tienes ganas de aprender. Vamos por parte-
 
1º Aprender a programar, esto te va a ayudar a desarrollar todo lo que tengas en tu cabeza.
 
2º Buscar ejemplos o situaciones similares al problema en otros proyectos para aprender de ellos.
 
3º Buscar optimizar siempre las tareas.
 
Ahora tu problema se soluciona haciendo uso de un GameManager, supongo no lo tienes, es decir cuando un cliente quiere salir desplegará un menú para preguntarle, pero a la misma vez le avisara al GameManager que el no esta activo actualmente, para que el juego se detenga hasta saber su decisión.

Cita de: fernando date=1490888104Buenas!
   
   
      Tengo una aplicacion ,y arriba a la derecha tengo la tipica X para salir.Como puedo hacer que al darle a la X se abra una scena nueva pero sin tapar la que esta cargada ya? 
   
   
      Lo que quiero es que al dar a la X salga una pestaña diciendo estas seguro que quieres salir?pero no quiero que tape la escena que estaba cargada anteriormente
   

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     Para el panel de diálogo, creas una GUI usando los elementos de Canvas de Unity.
  


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     La funcionalidad del botón de salir, se la puedes dar con Application.Quit, mira la documentación oficial: https://docs.unity3d.com/ScriptReference/Application.Quit.html