Buenaaaas, estoy probando unos scripts que encontré en un tutorial de youtube de 12 minutos...para conectar a través de la ip y jugar en multiplayer (ConnectionGUI, Control, Instantiate..) los pongo por que puede que alguien los haya probado también, la cosa funciona bien, puedes crear el server o conectarte a la ip, lo he probado en el mismo ordenador y con dos ordenadores diferentes y el problema es que mueves ambos personajes desde los dos equipos!,No se si es por usar los scripts que incorpora Unity en los "standard Assets"  para controlar al personaje en primera persona o por que ambos equipos los conecto a través del mismo router, pero es raro, no?, alguien ha probado esos scripts a los que me refiero?

Deberias investigar mas sobre el tema antes de  lanzarte a ciegas, en la doc de unity hay informacion sobre el tema, como por ejemplo esto:
http://docs.unity3d.com/ScriptReference/Network-isClient.html

Cita de: sanxion date=1444648007" data-ipsquote="" data-cite="sanxion" class="ipsQuoteNo se si es por usar los scripts que incorpora Unity en los "standard Assets"  para controlar al personaje en primera persona

Es por eso. Si has usado el First Person Controller para los 2 jugadores, y no has modificado los inputs, moverás los 2 a la vez.

Obviamente los scripts controlan el personaje

Depende que unity tengas, tendrás diferentes versiones del network...  no es lo mismo la 5.1 que versiones atrasadas, cada tutorial te sirve para una version, es muy comun que si quieres controlar las dos ventanas en el mismo pc, los 2 personajes o players se muevan a la vez... para probarlo tendrías que tener otra persona al otro lado, que manejara desde su casa con su imput.